«La libertad de opinión, así como la de expresión, aparece ante la mirada de muchos de los europeos contemporáneos como un derecho que se tiene de modo “casi natural”. Sin embargo, si nos acercamos a la Europa de hace tres siglos nada era menos evidente que el que se pudiera pensar al margen de las instituciones eclesiásticas o civiles, y menos aún que ese pensamiento surgido al margen de esas estructuras pudiera ser expresado y difundido libremente».
Ateos clandestinos recoge diversos testimonios y pensamientos que se han conservado por escrito a pesar de la persecución y exterminio al que fueron sometidos sus autores. Un grupo de valientes pensadores europeos de la primera mitad del siglo XVIII pretendieron acabar, valiéndose únicamente de la fuerza de la razón, con el monopolio de siglos de oscurantismo religioso y político. Dejaron abierto así el camino de la Ilustración, cuyas ideas se popularizaron en la segunda mitad del Siglo de las Luces.
 
Agustín Izquierdo relaciona los escritos de diferentes pensadores clandestinos, muchos de ellos héroes solitaries incomunicados entre sí, ofreciéndonos una lúcida vision global de aquel periodo y aquella lucha que, a pesar de recientes brotes de integrismo religioso, ha triunfado en buena medida, extendiendo cada vez más la libertad de pensamiento, y una de sus consecuencias practices más destacables: la ciencia y el desarrollo tecnológico.